唐代时称功德寺,增建了殿宇40余间,规模很大,与山东长清的灵岩寺、湖北荆山的玉泉寺、浙江天台的国清寺并称天下四大丛林。
清咸丰年间毁于火灾。清光绪三十四年(1908年)重建,现主要建筑有山门、天王殿、毗卢殿、摄翠楼、藏经楼等,为南京地区最大的寺庙。
现存寺院建筑为清光绪三十四年(一九○八年)由寺僧宗仰重建。寺院倚山势而缓上,背倚千佛岩,四周层峦拱萃,万壑堆石,雄奇肃穆,气象万千。进山门拾级而上为弥勒殿、毗卢殿、法堂,最高处为藏经楼。藏经楼佛龛中供奉一尊用整块汉白玉雕成的玉佛,据传来自缅甸,极为珍贵。
栖霞寺所在的栖霞山还为金陵著名风景佳丽处。每值深秋,漫山枫叶红遍,层林尽染,如霞栖山,“霜叶红似二月花”。