云门寺系建于唐代的一处禅门古刹，据《惠安县志》载，在添奇铺小溪云门山东麓，大慧禅师肇基，寺宇由佛殿三重九落、呈梯状构建，颇具规模。添奇铺小溪即现在的涂岭镇秀溪村，这里依山傍水，风景秀丽，唐时的驿道即从村中通过，那时的小溪一带曾是一个繁荣的集镇，大慧禅师在此择址建寺，自有他的道理。据说大慧禅师不但在佛学上有高深的造诣，而且精于堪舆和易学，琴棋书画无所不能，是个世外高人。他与罗隐的一段交往，足见一代高僧身上留存着文人逸士的风怀。

    罗隐，原名横，浙江余杭人，与罗邺、罗虬并称“江东三罗”，是一个才华超拔的诗人，闽南俗称“罗远仙”。《五代史补》载他“在科场，恃才傲物，尤为公卿所恶……”竟然“十举不中”。科场失意，志不得伸，给罗横打击太沉重了，于是改名“隐”，开始了他南下的流浪生活。他入惠的第一站就来到云门寺。大慧禅师久闻罗隐之名，两人谈经论道、吟诗作赋，大有相见恨晚之感慨。

    于是，云门寺成了罗隐远避尘嚣静心读书的好所在，寺宇东面的那棵古榕树下就是罗隐当年的读书处，可惜遗址无存，而那株千年榕树依然枝繁叶茂，古老苍劲。

    在流浪生活中饱尝人生冷暖的罗隐，对大慧禅师待他如此优礼有加，一直耿耿于怀。某日，大慧禅师终于吐露心曲：“先生可识得这里的山势水象否？”罗隐说：“山青水秀，民风纯朴，山好水好人更好？”大慧禅师哈哈一笑：“此地背靠象峰山，面对天马山，两山之间汇成一条小溪潺潺流淌，属青龙入海的气象。贫僧在此择址建寺，自然颇费苦心。云门寺现在僧众百人，香火鼎盛，但凡事兴衰皆有因果，惟先生方能使云门寺流芳于世。”罗隐说：“大师有何指教？”大慧禅师语重心长地说：“贫僧曾推算了先生的生辰八字，实在贵不可言，若生在皇室，自是九五之尊，惜哉时运不济，也是天数。贫僧已经讲过，此地为青龙入海的气象，只可惜面前的天马山挡住了青龙入海的去路，只有钓起溪中的蛟龙借助它来移山填海。”罗隐笑道：“学生一介寒儒，如何有此本领，大师见笑了。”大慧禅师拿起一根钓鱼杆，说：“先生只须拿着这根钓鱼杆在溪中垂钓百日，便有奇迹出现。”罗隐按照大慧禅师所言将信将疑到溪中垂钓，可惜百日未满，这个计划却被寺中的一名和尚无意破坏了，气得罗隐连连咒骂：“顶倒下倒，中间留一殿供三宝。”云门寺以后果真逐渐荒废，只剩下中间的大雄宝殿。这些仅是传说而已，但毕竟与云门寺有某些渊源。至宋时，给事中江常又对云门寺进行了一次较大的修葺。

    延至南宋末年，元兵南侵，南宋遗臣陆秀夫拥幼主赵沿福州南逃，夜宿南埔柳厝村，曾依托云门寺作为根据地（寺中至今仍保存有当时的石马槽），拼死抵抗元兵，因寡不敌众，云门寺被元兵彻底焚毁。陆秀夫拥赵逃至广东崖山，又被投降元兵的宋朝奸臣张弘范带兵追杀，最后，陆秀夫含泪抱着九岁的赵跳海自尽。历经兵祸战乱的云门寺在元、明虽有几度重建，但规模大不如前。

    清康熙五十五年（公元1716年），云门寺又进行了一次修建，虽然已没有了原先的规模，但仍然不失富丽堂皇。乞假荣归故里的宰相（文渊阁大学士）李光地特地从安溪湖头来到云门寺亲书“云门禅寺”的匾额，给云门寺增添了几多光彩，寺宇也再度重兴。清嘉庆八年（公元1803年），本乡进士、奉政大夫、浙江绍兴府清军同知陈焕世为云门寺撰写碑记。该碑现存寺中，为后人提供了一个历史的见证。

    今日云门寺，由于众多原因，已今非昔比，但风骨犹存，古人的足迹尚在，目前地下的古砖瓦、古建筑基址、柱础等比比皆是，有关记载云门寺的文字和种种传说见之诸多版本，这对研究云门寺的历史以及泉港的宗教文化自有一定的借鉴作用。