首先要分清，前现代的建筑维护更新和现代文物保护的维修原则。


先说前现代。对于几乎绝大部分东方木构体系的建筑文化而言，“修旧如新”其实原本是建筑整修的第一原则。古人不存在现代意义上的文物保护意识，除了个别的一些建筑可能由于独特的历史价值受到少数人的保护（比如我国很多古代石刻依存都是由地方士绅建造围墙房屋保护的，但这个数字很少）。苏东坡在《东坡志林》提到，他曾在见过某地汉代的讲堂，并认为这是海内遗留下来的最古建筑。推想起来可能是类似武梁祠的石造建筑。不论如何，苏东坡如在当地任职，肯定会设法保护这座建筑。但这是相对特殊的历史建筑而言。与此相对，对于实用建筑，不论是宅邸宫殿还是坛庙城垣，既然是生活中使用的一部分，要求其新而坚固是正常不过的事情。可以想见，这种指导思想之下如维修一座木构建筑，那么必然是丢弃全部腐朽的木料，替换上新的木料，用时兴的架构取代原有的架构（屋架制度无论中日韩，历史上都是不断演变的），最后再粉刷一新（或者全部拆除重建）。这种做法的原因，梁思成在《中国建筑史》上将其归为客观和主观两方面：客观上土木结构保存不及石构；主观上东亚文化就有不求木构建筑长久的传统，基本是公允正确的。所以首先，说只有日本人追求“修旧如新”的效果是不准确的，更不能说替换部件或者改变内部结构的维修方式是日本做法，因为整个东亚地区前现代建筑维修的指导思想都是“修旧如新”。只不过由于日本潮湿的气候和历史上形成的文化传统（比如许多神社的造替制度），这一点 

很明显，这种维修思想和现代历史文物建筑的保护理念是存在冲突的。现代文物建筑保护的原则，在1964年联合国教科文组织制定的《威尼斯宪章》说的很清楚：

　第四条　古迹的保护至关重要的一点在于日常的维护。
　第五条　为社会公用之目的使用古迹永远有利于古迹的保护。因此，这种使用合乎需要，但决不能改变该建筑的布局或装饰。只有在此限度内才可考虑或允许因功能改变而需做的改动。
　第六条　古迹的保护包含着对一定规模环境的保护。凡传统环境存在的地方必须予以保存，决不允许任何导致改变主体和颜色关系的新建、拆除或改动。
　第七条　古迹不能与其所见证的历史和其产生的环境分离。除非出于保护古迹之需要，或因国家或国际之极为重要利益而证明有其必要，否则不得全部或局部搬迁古迹。
　第八条　作为构成古迹整体一部分的雕塑、绘画或装饰品，只有在非移动而不能确保其保存的唯一办法时方可进行移动。
　第九条　修复过程是一个高度专业性的工作，其目的旨在保存和展示古迹的美学与历史价值，并以尊重原始材料和确凿文献为依据。一旦出现臆测，必须立即予以停止。此外，即使如此，任何不可避免的添加都必须与该建筑的构成有所区别，并且必须要有现代标记。无论在任何情况下，修复之前及之后必须对古迹进行考古及历史研究。
　第十条　当传统技术被证明为不适用时，可采用任何经科学数据和经验证明为有效的现代建筑及保护技术来加固古迹。
　第十一条　各个时代为一古迹之建筑物所做的正当贡献必须予以尊重，因为修复的目的不是追求风格的统一。当一座建筑物含有不同时期的重叠作品时，揭示底层只有在特殊情况下，在被去掉的东西价值甚微，而被显示的东西具有很高的历史、考古或美学价值，并且保存完好足以说明这么做的理由时才能证明其具有正当理由。评估由此涉及的各部分的重要性以及决定毁掉什么内容不能仅仅依赖于负责此项工作的个人。
　第十二条　缺失部分的修补必须与整体保持和谐，但同时须区别于原作，以使修复不歪曲其艺术或历史见证。
　第十三条　任何添加均不允许，除非它们不致于贬低该建筑物的有趣部分、传统环境、布局平衡及其与周围环境的关系。
　第十四条　古迹遗址必须成为专门照管对象，以保护其完整性，并确保用恰当的方式进行清理和开放。在这类地点开展的保护与修复工作应得到上述条款所规定之原则的鼓励。

显然，将一座历史建筑整修成新建筑的前现代做法明显违背了上述的第五，第六，第九，以及第十一到十三条。但事实上，如果我们用《威尼斯宪章》的规定去比照，就会发现，“修旧如旧”这个概念也是存在问题的。很简单，如第十一条的规定，如果一座建筑存在后代的改建，那么现代文物保护人员的工作，不是将这些后代改建拆除，而是将它们与早期的结构一并保存整修，而非修复到早期结构原始的那个“旧貌”去。回到楼上贺六浑的答案举的例子，我们可以发现，唐招提寺维修鲜明反映了这两种维修理念的变化：对于元禄时代的人而言，一旦发现上层梁架结构陈旧损坏，那么就直接使用当下流行的小屋组桁架予以代替是再自然不过的事；对于明治时代的人而言，现代文物保护理念还未完全成形，保存建筑物的存续和大致外观就成为了维修的目标，为此使用钢架结构自然也就是允许的；而到了2000-2009的大修，我们可以看到它事实上严格贯彻了威尼斯宪章的规定，没有改变元禄大修添加的小屋组桁架结构，也没有替换明治大修使用的钢构，同时也尽量使用了老的建材（700余根椽子依然是天平时代的原物），充分体现了《威尼斯宣言》所强调的原真性与可识别性两大原则。相反的例子是我国的两座唐构：山西五台山南禅寺大殿和河北正定开元寺钟楼，在维修过程中（前者70年代中期，后者1990年）都拆除替换了后世的改建，从门窗小木作，到屋面瓦作都使用了“复古”的做法，在保留唐代建构的同时，剔除后代增改部分，最后修复成了我们现在能够看到的“唐风”建筑。这种“修旧如旧”的做法，既不符合中国古人的维修方法，也与《威尼斯宪章》所体现的现代文物建筑保护理念相左。